［目的］ 本研究旨在建立红椿SSR-PCR最佳反应体系，并筛选适于红椿SSR分析的高多态性引物。［方法］ 通过L16（45）正交试验设计，确立红椿SSR-PCR最佳反应体系；利用优化后的体系对来自楝科植物的135对SSR引物，在6个不同的红椿居群中进行扩增，筛出能有效扩增的引物并进一步筛选出适于红椿的高多态性引物。［结果］ （1）10 μL基于荧光dUTP的SSR-PCR体系中包含：10×buffer 1.0 μL，Taq 酶（5 U·μL-1） 0.1 μL， MgCl2（25 mmol·L-1）0.8 μL， dNTP （200 mmol·L-1）0.025 μL，荧光 dUTP（1 nmol·μL-1）0.01 μL，引物（10 mmol·L-1） 0.8 μL，DNA模板45 ng剩余用ddH2O补足；（2）筛选出29对能有效扩增的引物，复选后获得了12对适于红椿SSR分析的高多态性引物。［结论］ 建立了SSR-PCR最佳反应体系并筛选出高多态性引物，为红椿的分子标记等遗传学研究提供了基础。